Long noncoding RNA MALAT1 in exosomes drives regenerative function and modulates inflammation-linked networks following traumatic brain injury

Patel, Niketa A.; Moss, Lauren Daly; Lee, Jea-Young; Tajiri, Naoki; Acosta, Sandra; Hudson, Charles; Parag, Sajan; Cooper, Denise R.; Borlongan, Cesario V.; Bickford, Paula C.

doi:10.1186/s12974-018-1240-3

Journal of Neuroinflammation

Table 3 Changes in noncoding RNA miRNA

From: Long noncoding RNA MALAT1 in exosomes drives regenerative function and modulates inflammation-linked networks following traumatic brain injury

Brain + 1						Spleen + 1
		C vs T	C vs TE	C vs TEdM			C vs T	C vs TE	C vs TEdM
rno-miR-429		346.52	26.50	208.76		rno-miR-451-3p	3.70	− 1.15	4.82
rno-miR-200b-5p		99.01	7.42	127.07		rno-miR-1949	1.78	− 1.05	1.45
rno-miR-183-5p		59.14	6.56	122.37		rno-miR-6216	1.38	− 1.22	1.30
rno-miR-182		56.38	1.00	43.57		rno-miR-17-5p	1.51	− 1.13	1.52
rno-miR-96-5p		48.13	1.00	61.72		rno-miR-144-5p	3.85	2.01	4.19
rno-miR-6216		2.67	− 1.04	2.82		rno-miR-484	1.52	− 1.10	1.88
rno-miR-1193-3p		1.34	1.03	1.20		rno-miR-132-3p	2.07	1.01	1.83
rno-miR-218a-2-3p		1.24	1.07	1.30		rno-miR-702-3p	4.89	2.44	3.59
						rno-miR-409a-5p	1.85	1.04	1.84
						rno-miR-92a-3p	1.33	− 1.08	1.29
						rno-miR-339-5p	1.39	− 1.07	1.30
						rno-miR-93-5p	1.53	1.07	1.74
						rno-miR-361-5p	1.30	− 1.01	1.50
						rno-miR-31a-5p	1.18	− 1.13	1.30
						rno-miR-21-3p	1.29	− 1.07	1.31
						rno-miR-423-5p	1.19	− 1.10	1.26
						rno-miR-210-3p	1.35	1.11	1.45
						rno-miR-532-3p	1.25	1.11	1.26
						rno-miR-103-3p	1.18	− 1.01	1.24
						rno-miR-6319	1.39	1.12	1.27
						rno-miR-378a-5p	1.10	1.05	1.17
						rno-miR-342-3p	1.06	− 1.05	1.09
Brain −1						Spleen −1
rno-miR-154-5p		− 1.48	−1.17	− 1.32		rno-miR-708-3p	− 10.9	1.69	− 1.39
rno-miR-7b		− 1.65	−1.04	− 1.80		rno-miR-6329	− 3.33	− 1.07	− 1.57
rno-miR-665		− 2.57	−1.11	− 1.69		rno-miR-148b-5p	− 1.22	1.14	− 1.10
rno-miR-487b-3p		− 1.38	1.32	− 1.54		rno-miR-212-5p	− 1.44	− 1.09	− 2.17
rno-miR-672-3p		− 1.77	1.09	− 1.41		rno-miR-181a-1-3p	− 1.55	1.23	− 1.16
rno-miR-10a-5p		− 1.47	1.29	− 1.29		rno-miR-1843b-5p	− 1.79	1.07	− 1.37
rno-miR-770-5p		− 1.53	1.12	− 1.60		rno-miR-10a-5p	− 1.49	1.16	− 1.22
rno-miR-666-5p		− 1.29	1.24	− 1.32		rno-miR-379-5p	− 1.92	− 1.01	− 1.32
rno-miR-29c-3p		− 1.52	1.07	− 1.22		rno-miR-411-5p	− 1.66	− 1.12	− 2.09
rno-miR-3594-3p		− 1.61	− 1.04	− 1.37		rno-miR-192-5p	− 1.72	1.01	− 1.80
rno-miR-485-3p		− 1.41	− 1.13	− 1.32		rno-let-7f-5p	− 1.58	1.12	− 1.20
rno-miR-139-3p		− 1.45	1.02	− 1.27		rno-miR-1b	− 1.53	1.14	− 1.37
rno-miR-139-5p		− 1.54	− 1.09	− 1.41		rno-miR-148a-3p	− 1.40	− 1.10	− 1.20
rno-miR-668		− 1.19	1.12	− 1.20		rno-miR-126a-5p	− 1.46	1.09	− 1.47
rno-miR-342-5p		− 1.15	1.10	− 1.11		rno-miR-28-5p	− 1.39	1.08	− 1.30
rno-miR-344a-3p		− 1.18	1.01	− 1.21		rno-miR-204-5p	− 1.47	1.00	− 1.20
rno-miR-330-3p		− 1.30	− 1.05	− 1.19		rno-miR-181c-3p	− 1.67	− 1.14	− 1.42
rno-miR-1843a-3p		− 1.13	1.01	− 1.16		rno-miR-3068-3p	− 1.58	− 1.08	− 1.24
rno-miR-328a-3p		− 1.18	− 1.08	− 1.18		rno-miR-30c-5p	− 1.41	1.03	− 1.15
						rno-miR-27a-3p	− 1.16	1.06	− 1.21
						rno-miR-139-5p	− 1.33	− 1.07	− 1.24
						rno-miR-140-5p	− 1.30	1.06	− 1.25
						rno-miR-337-5p	− 1.42	− 1.05	− 1.34
						rno-miR-30a-5p	− 1.16	1.03	− 1.08
						rno-miR-150-5p	− 1.29	− 1.10	− 1.16
						rno-miR-147	− 1.12	1.04	− 1.09
						rno-miR-30e-5p	− 1.24	− 1.08	− 1.14
ncRNA including snoRNA, snRNA
Brain + 1					Brain − 1
		C vsT	C vs TE	C vs TEdM			C vsT	C vs TE	C vs TEdM
snRNA	U6	1.57	1.00	1.37	snoRNA	SNORD42	− 1.90	− 1.24	− 1.82
snoRNA	SNORD24	1.28	1.11	1.38	lncRNA	PVT1 3	− 1.98	− 1.34	− 2.18
snoRNA	SNORD60	1.25	1.00	1.22	snoRNA	SNORA28	− 1.29	− 1.07	− 1.97
snRNA	U6	1.09	1.00	1.06	rRNA	Rnr2	− 1.25	− 1.07	− 1.23
snoRNA	ACEA U3	1.64	1.05	1.59	rRNA	Rnr2	− 1.09	− 1.10	− 1.29
snoRNA	SNORA62	1.51	− 1.04	1.27	lncRNA	RMST 2	− 1.19	− 1.06	− 1.13
snoRNA	SNORA73	1.39	− 1.24	1.30
snoRNA	SNORD62	1.76	− 1.21	1.32
snoRNA	SNORD15	3.17	1.38	3.12
snoRNA	SNORA38	1.06	− 1.00	1.06
Spleen + 1					Spleen − 1
snoRNA	SNORD74	1.85	− 1.39	1.52	snoRNA	SNORA41	− 3.84	− 1.14	− 1.85
snRNA	U6	1.67	− 1.27	1.67	snoRNA	SNORD33	− 3.68	− 1.64	− 3.91
snoRNA	SNORD75	1.68	− 1.03	1.50	snoRNA	SNORA54	− 3.49	1.06	− 1.98
scRNA		1.32	− 1.23	1.14	snoRNA	SNORD21	− 3.48	− 1.48	− 3.88
lncRNA	LOC100909539	1.37	− 1.06	1.48	snoRNA	SNORA71	− 2.94	− 1.55	− 3.67
misc_RNA		1.31	1.10	1.42	vault_RNA	Vault	− 2.93	− 1.49	− 5.34
lncRNA	Bc1	1.15	1.04	1.25	snoRNA	SNORA11	− 2.71	− 1.08	− 2.24

Back to article page

ISSN: 1742-2094

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com